В соответствии со статьей 15 Федерального закона от 01.05.1999 № 94-ФЗ "Об охране озера Байкал", во исполнение п. 2 распоряжения Правительства Российской Федерации от 29.08.2006 N 1205-р, а также в целях обеспечения согласованных действий заинтересованных органов исполнительной власти в области охраны озера Байкал образована Межведомственная комиссия по вопросам охраны озера Байкал (далее - Комиссия) (приказ МПР России от 25 апреля 2007 года № 114 «О межведомственной комиссии по вопросам охраны озера Байкал»). Этим же приказом утверждено положение о Комиссии.

Комиссия будет координировать работы по изучению, воспроизводству, использованию и охране природных ресурсов Байкальской природной территории, сохранению биологического разнообразия, обеспечению экологической безопасности, решению социально-экономических задач региона на принципах устойчивого развития.

В задачи Комиссии также входит совершенствование нормативно-правового регулирования в области охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов Байкальской природной территории; осуществление государственного мониторинга окружающей среды (экологического мониторинга) уникальной экологической системы озера Байкал; выполнение обязательств Российской Федерацией в сфере охраны озера Байкал как участка всемирного природного наследия ЮНЕСКО. Организационно-техническое и информационно-аналитическое обеспечение деятельности Комиссии возложено на Департамент государственной политики в сфере охраны окружающей среды МПР России.

С учетом пункта 6 Положения о Комиссии, приказом Минприроды России от 18.04.2013 № 148  утвержден состав Комиссии (изменения в составе Комиссии внесены Приказом Минприроды России от 10.06.2014 № 263). В состав Комиссии вошли Министр природных ресурсов и экологии Российской Федерации (председатель Комиссии), руководитель Росприроднадзора (заместитель председателя Комиссии), Губернатор Иркутской области, Президент Республики Бурятия, представитель Правительства Забайкальского края, руководители структурных подразделений Минприроды России, Минэкономразвития России, МЧС России, Минсельхоза России, Минрегиона России, Минпромторга России, Минздрава России, Минэнерго России, МИД России, Росприроднадзора, Рослесхоза, Роснедр, Росводресурсов, Ростехнадзора, Росрыболовстсва и других ведомств, а также ученые Российской академии наук.